总公司的操作流程如下：
首先，总公司需对分公司的收入和成本进行汇总计算，并填写在《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》的相应栏目中。
接着，根据税法的规定，分公司的分摊比例应当基于上一年度各分公司的营业收入、职工薪酬以及资产总额这三个因素来确定。
然后，在预缴申报的过程中，总公司除了需要提交《预缴申报表主表》和《分配表》之外，还应当提供总公司本季度的财务报表以及各个分公司的财务报表。
最后，总公司完成预缴申报之后，必须获取一份加盖了主管税务机关受理专用章的《分配表》，并将该表的复印件分别交给各个分公司。
对于分公司而言，其操作步骤包括：
1. 根据总公司分配给其的所得税额，填报《预缴申报表主表》，并向各自所在地的主管税务机关进行预缴申报。需要注意的是，分公司仅需填写第30行、第32行及第33行这三行内容。
2. 将由总公司提供的、已经加盖了甲公司主管税务机关受理专用章的《分配表》复印件，连同分公司自己的《预缴申报表主表》一起提交给主管税务机关。