长期股权投资的成本差额通常指的是企业进行长期投资时，实际支付的金额与其从被投资单位获得的资产或权益之间的差异。具体来说，这涉及到企业在购买长期股权投资时所支付的总成本与通过合并交易所获得的对价之间的差额。
当一个企业通过发行股票来完成一项合并交易时，其发行的股份面值总额将作为股本记录。此时，长期股权投资的初始投资成本与发行股份面值总额之间的任何差异都需要进行调整。如果这个差额超出了资本公积（包括资本溢价或股本溢价）的范围，那么超出的部分将依次冲减企业的盈余公积和未分配利润。
这种处理方式确保了企业的财务状况能够真实反映其经济行为，同时也符合会计准则的要求。通过这种方式，企业可以更有效地管理和报告其长期投资活动，为投资者和其他利益相关者提供透明的财务信息。