增值税税控系统减免税的账务处理涉及几个关键步骤，首先，当企业收到用于增值税税控系统的税盘发票时，会计分录为：借记“管理费用-办公费”，贷记“其他应付款”。这一操作反映了企业为了获得税控设备而发生的初始支出。
接着，在支付该税盘款项时，相应的会计分录是：借记“其他应付款”，贷记“银行存款”。这表示企业已经实际支付了购买税控系统的款项。
最后，在实际抵免增值税的时候，需要做两笔分录。第一笔是借记“应交税费-应交增值税-减免税额”（蓝字），第二笔是借记“管理费用-办公费”（红字）。这两笔分录共同反映了税控系统带来的税收减免效果，其中红字部分表示先前计入管理费用的支出现在被冲销了。