在处理增值税运输发票的入账时，需要根据发票的性质进行不同的会计处理。

对于采购货物所产生的增值税运输发票，应当将其计入货物的入账成本。具体来说，借方科目应为库存商品、原材料等，同时还需要借记应交税费-应交增值税-进项税额。贷方科目则为银行存款等。

另一方面，如果是销售货物所产生的增值税运输发票，同样需要将其计入货物的入账成本。此时，借方科目为销售费用，并需要借记应交税费-应交增值税-进项税额。贷方科目依然是银行存款等。

通过这样的会计处理方式，可以确保企业准确地记录和反映了与增值税运输发票相关的经济活动。