企业应当及时预交增值税，若未能按时申报，应采取以下步骤：首先，向税务局进行报告；随后，根据税务局的指导完成补充申报。这包括补报所有应缴纳的税费，并针对逾期部分支付滞纳金。滞纳金的计算基于应纳税额，按日计收万分之五的比例。