个人所得税综合所得汇算清缴流程如下：首先，下载并安装个人所得税APP。接着，进行用户注册，确保个人信息准确无误。之后，在APP内填写必要的专项扣除信息，这些信息将用于计算您的应纳税额。

接下来，对工资薪金、劳务报酬、稿酬以及特许权使用费这四项所得进行汇总。系统会根据您的收入情况和已预缴税款金额，计算出最终需要缴纳的税额。如果预交税款多于应缴税款，则实行退税；反之，则需要补缴差额。