在处理因失控发票导致需补缴的增值税时，企业应进行如下会计分录：
首先，当企业发现需要补缴增值税时，应借记原材料等科目，同时贷记应交税费——应交增值税（进项税额转出）。这一步反映了企业将原本计入成本的税额调整为待缴税款。
接着，企业需要进一步处理这部分待缴税款，通过借记应交税费——应交增值税（进项税额转出），贷记应交税费——未交增值税。这表示企业将之前已经计入成本的税额从进项税额中分离出来，作为尚未缴纳的税款单独列示。
最后，当企业实际支付这笔税款时，应借记应交税费——未交增值税，贷记银行存款。这意味着企业用银行存款支付了之前未缴的增值税额。