在处理公司发放工资与主营业务成本的税务问题时，税务机关和纳税人之间形成了两种对立的观点。一方面，有观点认为，将合理的工资计入主营业务成本是允许的，并且在汇算清缴过程中不应进行纳税调整。另一方面，另一种看法则主张，尽管合理发放的工资可以扣除，但在汇算清缴时应该进行纳税调减处理。为了确保准确性，建议向当地税务局咨询以获取更具体的指导。