当企业收到或开具的增值税发票上的数量超出合同约定时，通常有两种处理方法。首先，如果合同双方实际执行的交易金额超过了合同中规定的金额，那么企业按照实际交易金额开具发票是合理的。其次，如果是因为企业开票错误导致开出了超过合同金额的发票，则必须重新开具正确的发票以符合合同约定。