免税企业在处理增值税时，通常采用两种不同的方法。第一种方法是，当企业确认收入时，同时确认相应的税额。随后，在实际减免税金时，将这笔金额转入营业外收入科目进行记录。第二种方法是，企业在确认收入时不计提对应的增值税，而是直接将全额金额计入主营业务收入科目进行会计核算。