个人所得税综合所得汇算清缴操作步骤如下：首先，下载并安装个人所得税APP；其次，进行注册并登录；接着，填写专项扣除信息；然后，对工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得以及特许权使用费所得四项所得进行综合计算应纳税额。最后，减去预交税款金额，实行多退少补。