纳税申报表的填写流程如下：

首先，根据开票系统发票汇总表的实际销售额和销项税额来填写增值税申报表附表。

其次，依据增值税综合服务平台的勾选认证汇总表，进一步填写增值税申报表附表。

接着，需要根据减免税额和加计扣除税额来补充填写增值税附表。

然后，将附表的数据自动带入到增值税主表中，核对无误后保存并提交，以完成申报缴纳税费的过程。

此外，还需根据具体的减免税额填写减免税明细表；对于营改增类企业，则需根据其扣除项目来填写增值税附表。