公司为不同会计主体分别设置两套账本的做法是合规的。

首先，需要明确什么是会计主体。会计主体是指会计信息所反映的单位。一个会计主体是一个独立的经济实体，而企业作为一个会计主体，应当对其本身发生的交易或事项进行会计确认、计量和报告。这意味着企业需要独立地记录和核算其本身的各项生产经营活动，而不能核算、反映企业投资者或者其他经济主体的经济活动。

其次，对于不同的会计主体，公司可以分别设置两套账本。这样做的好处是可以更加准确地反映每个会计主体的财务状况和经营成果。同时，这也有助于公司更好地管理各个会计主体之间的财务关系。

最后，需要注意的是，虽然公司可以为不同会计主体分别设置两套账本，但是这并不意味着可以随意操纵财务报表。公司仍然需要遵守相关的会计准则和法律法规，确保财务报表的真实性和准确性。