增值税专用发票的认证是国家金税工程的重要组成部分之一。所谓增值税专用发票的认证，是指接受货物或劳务方将取得的增值税专用发票送到当地税务机关去审核，确认其有效性的过程。
具体来说，取得增值税专用发票的一方需要持发票抵扣联到主管税务机关进行扫描。计算机会读取票面上的密文，并与票面上的七项数据（如发票代码、发票号、开票日期、购纳税人识别号、销方纳税人识别号、金额、税额）进行比对。如果比对一致，数据将被传入国家税务总局的增值税发票比对系统数据库中。这些数据将在系统中等待90天，等待销售方抄报税的数据资料并与之进行比对。如果比对一致，则认证通过；如果不一致或没有相对应的发票数据可比对，则自动将该信息转到未通过的数据库中。税务稽查部门会根据转来的认证发票上的信息找到开出和取得发票的双方，查实原因并做出相应的处罚。
认证过的专用发票是企业进行进项税额抵扣的依据。目前最新的认证方式是在当地增值税综合服务平台根据收到的增值税专用发票进行勾选认证，然后提交确认，在增值税附表二的进项税额对应栏次中体现。
除了认证外，还有两个与增值税发票相关的程序：抄税和报税。抄税是指将本企业本月开出的增值税发票的七项数据信息写入IC卡。而报税是指企业持存有开出的增值税发票七项信息的IC卡及相关纸质材料送到税务机关，将其读入税务机关的电脑中，并上传到国家税务总局的增值税发票比对系统数据库中。
总之，增值税专用发票的认证是企业进行进项税额抵扣的重要环节，也是税务管理的一部分。通过认证，税务机关可以确保增值税发票的真实性和合法性，进而加强对税收的监管和管理。