在处理代为房东支付的租金时，重要的是理解税务责任归属问题。通常情况下，即使合同中规定由租客承担税费，这些费用仍然被视为租金的一部分，因此不能从总租金中扣除。与房东协商将发票金额包含所有费用是一个可行的解决方案。

根据税法规定，出租方是法定的纳税义务人。即使双方约定由承租方负担某些税金，这仅意味着这些税金被计入了租金之中，实质上增加了租金总额。对于其他类型的税费也是如此处理。关键在于如何将含税后的租金倒推回不含税的状态，并据此开具相应的发票。完成缴税流程（除印花税外，其余税费均由出租方负责）后才能确定最终的税后租金数额。

为了更清晰地说明这一过程，让我们通过一个假设的例子来进行说明：

假设房东要求获得10,000元的净收入；如果综合税率设定为20%，则实际应缴纳的税款并非直接计算得出的2,000元，而是采用公式10,000 / (1 - 20%) * 20% = 2,500元来确定。这意味着需要按照12,500元（即含税租金）来开具发票；其中税额为2,500元，而实际给到房东的手头则是10,000元。值得注意的是，尽管承租人承担了这部分税款，但他们不应成为该笔税款的纳税人。如果简单地表述为“租金10,000元 税费2,000元”，那么实际上是基于原始租金10,000元来计算的；正确的做法应该是将其转换为“租金12,500元”，这样“税费2,500元”才被正确地包含在内。

总之，在处理此类事务时，务必确保所有操作符合当地法律法规的要求，并且保持透明沟通以维护良好的租赁关系。